鍼灸院では、患者さんが来院されたら、まずは来院されるきっかけになった症状や部位、発症の原因や経過、その他にも色々なことをお聞きし、その後、脈診・腹診・舌診などの東洋医学的検査、さらに法的に可能な西洋医学的検査も実施します。それらから鍼灸の適応か否かの判断をし、病状や体質の診たてを行った後に、適切な経穴に鍼や灸を施します。
大まかに言うとこのような治療の流れがありますが、古来より日本の鍼灸治療には流派のようなものが様々にあり、それぞれの鍼灸師が学んできた流派の教えに則って東洋医学的な診たてを行います。また施術に関しても同様に、経穴の選択、鍼の刺し方・灸のすえ方など、それぞれに良いとされる方法で行います。

日本で鍼灸施術を行うには、はり師・きゅう師の国家資格が必要です。国家資格の取得には、高等学校卒業後、鍼灸専門学校・鍼灸大学・視覚障害者のための教育機関に３年以上通うことが必要です。そこで医学知識と鍼灸技術を習得し、卒業試験に合格した後、国家試験に合格するとはり師・きゅう師の国家資格が取得できます。
日本鍼灸師会では国家資格取得後の鍼灸師を対象に、講習会やe-ラーニング、研究会など様々な卒後教育・生涯研修が行われています。そのため医学知識、技術ともに一定の高い水準にありますので、安心して鍼灸治療を受けていただけます。

俗に「ツボ」と呼ばれ、身体には361箇所のツボが存在すると言われています。東洋医学の長い歴史の中で、経験的に刺激すると症状が特に良くなる部位として伝えられ、現在まで使われてきました。
鍼灸治療にはこのツボ刺激による効果（特異的効果）と、鍼や灸の刺激による効果（非特異的効果）とがあり、それぞれに研究がされています。鍼や灸の刺激が生体に及ぼす非特異的効果は、“鍼灸がなぜ効くのか”のところでご説明したように科学的に証明されているものが多くありますが、ツボ刺激による特異的効果はまだ十分に解明されていません。

肩コリ、腰痛、神経痛、関節痛などに適応いたしますが、鍼灸は多くのつらい症状や病気に効果が期待できます。
一般にはあまり知られていませんが、鍼灸には血液循環を良くしたり、免疫細胞の増加・活性化に作用があります。また、内臓の働きを調節する自律神経を整え、身体の持つ恒常性維持機能を高める働きもあります。ですので、はじめは腰痛や肩コリで来院されても鍼灸治療を受けているうちに風邪を引きにくくなった、身体が軽い、体調が良い、よく眠れるようになった、食欲が出た、便通が良くなったなど体調の変化を実感され、症状がなくなってからも病気の予防、健康維持・増進を目的に、定期的に鍼灸院に通ってらっしゃる患者さんがたくさんいらっしゃいます。